一只白鹰在天空中翱翔，根鸟将它打下，意外发现了一根布条，也就是从这天起，一个女孩总是出现在根鸟的梦里。女孩本在悬崖上采花，却不幸失足掉进了峡谷，这是一个布满着百合花的烟雾缭绕的峡谷。根鸟便因此担负起了寻找紫烟然后解救她的重任。

离开了自小生长的菊坡，根鸟踏上了寻梦的旅途。一片荒芜的荒漠，这显然是老天的下马威。在这里，他遇到了自己一路上的第一批伙伴——一部商队。根鸟将自己的梦境连同紫烟的事通通告诉了他们。不过，他们并没有把根鸟的话当回事，只是嘲笑根鸟的痴情与愚笨。不久，他又遇见了一个同行者，两人结伴而行。他叫板金，是一个僧人，板金先生与商队的人不同，对于根鸟的经历他则表示足够的同情和怜悯，甚至还对他抱有一丝鼓励。青塔过后，他又与板金先生分别，独自赶路。但接下来的情形不同于荒漠，根鸟被拐带到了一个山谷！在鬼谷经历了几个月的非人对待后，根鸟动用自己的智慧终于逃离了那里，但可怜的青壶却独自留在了鬼谷中，根鸟骑在白马上深深地懊悔。

不久，他回到了家乡，但疾病缠身的父亲去世了，给父亲办完丧事，他便一把火烧掉了房子，带着重新树立好的勇气，毅然离开了菊坡。他来到了米溪。这是一个富足的地方，有山有水，有和蔼可亲的当地人。初至此地的根鸟受到秋蔓父母的照顾。出于秋蔓父母的信任，根鸟一边在这里打工赚取之后旅途的旅费，一边陪伴着秋蔓。渐渐的，他对秋蔓对米溪都产生了一种依赖，一种致命的依赖。直到他要离开米溪时才顿悟。后来莺店的一系列遭遇又使他的情绪非常低落，但就当他再次回到米溪的时候，他才知道——秋蔓嫁人了。这个消息让他本就悲伤的心情雪上加霜，他开始在莺店没日没夜的混日子，白天赌博晚上看戏，他现在唯一的精神支柱就只有给予他温暖的金枝了，他不想再踏入那个无休止寂寞的旅途，只想每天混吃等死，浑浑噩噩的过下去。金枝的劝阻不足以让他清醒，就在这时，他又见到了板金先生，板金先生用生命的代价使他又重新充满了希望。这样一路向西，他终于看到了梦中的那个大峡谷，多少日月交替，多少年岁流逝，就连他自己都快放弃心中无法释怀的执念，而这峡谷却又出现在了这里，不再只是虚幻的梦境，而是实打实的现实，遍处开满了梦中的百合花，他不禁跌下马去，流连在峡谷泥土的清芬中，仔细的品味这久违的熟悉而又陌生的老故土。

整个故事曲折离奇，富有浪漫迷幻色彩但又不乏纪实。作者曹文轩想通过根鸟的故事表达什么呢？我认为，根鸟那听似无厘头的梦境正如在青少年时期，我们虚幻缥缈、天马行空的幻想与彷徨。在成长中，我们跨过一片片寂寥荒芜的荒漠，因为成长是一个人的事情，我们总要适应孤独；在成长中，我们总会被人拐带，误入歧途，陷入绝境的我们既想拯救自己，又想帮助同样处于危机中的弱小。这是青春的探索；在成长中，我们会因为舒适圈的温暖与美好而不愿离开，就像初入世事的雏鹰，只愿躲藏在母亲庞大的翅膀下一般。但我们还是必须学会判断，下定决心去完成原本的计划。

荒漠中，四周都是黄沙，根鸟总是独自一人，只有身下那匹白马陪伴着他。学会孤独是他必须要做到的，那么同样重要的就是习惯孤独。父亲突然病逝，根鸟独自担负起责任来，含泪为父亲送终。从莺店后悔归来，秋蔓嫁人了，根鸟因为自己的摇摆不定最终自食恶果，开始了浑噩的生活……一幅幅动人心弦的故事图集，背后都是曹先生想要述说的现实真理。根鸟从一个稚嫩的孩童长成了能独当一面的少年，《根鸟》所讲述的就是根鸟值得世人为之一叹的成长路途，教会少年们的是他的坚毅不拔、不屈不挠，善良、有一颗崇高的悔改之心，坚强不屈、自力更生，勇于追梦、开朗乐观，抓住一条绳索死不放手的积极向上的精神。