在瑞典的一个小镇上，住着一位名叫尼尔斯•豪尔耶松的14岁男孩。他因调皮捣蛋、好吃懒做而闻名于镇，恶作剧无数的他让许多人都对他摇头叹息。然而，命运对尼尔斯有着别样的安排。

一天夜晚，当尼尔斯沉浸在梦乡之中，神秘的小狐仙悄悄走进了他的房间。那细微的响声惊醒了尼尔斯，他好奇地四下张望，一眼便捕捉到了那小巧的身影。顽皮的尼尔斯捉弄起了小狐仙，可小狐仙并非等闲之辈，她施展魔法，将尼尔斯变成了拇指大小的小人。

眼前的一切让人难以置信，尼尔斯以为自己仍在梦中，便尝试再次入睡，醒来后却仍是那样。更令他惊讶的是，他竟然能听懂动物们的语言。那些曾被他欺负的小动物们，如今纷纷上前嘲笑指责他，尼尔斯心中涌起了前所未有的愧疚。

就在此时，一群大雁从天空飞过，家鹅莫顿被它们的叫声所吸引，振翅欲飞。尼尔斯不想失去莫顿，便跳上了它的脖颈。随着莫顿的振翅高飞，尼尔斯的冒险之旅就这样开始了。

在空中，尼尔斯和莫顿遇到了种种挑战。他们飞越了瑞典的壮丽山川，识破了狡猾狐狸的诡计，惊险地逃离了熊的追捕，还观赏了鹤之舞表演。尼尔斯在旅途中逐渐变得体贴善良，学会了珍惜与伙伴的相处时光。

历经八个月的冒险后，尼尔斯和莫顿终于回到了家乡。然而，等待他们的却是尼尔斯父母为阻止莫顿再次飞走而举起的屠刀。尼尔斯知道，只要莫顿一死，他就能恢复原样。但在这漫长的旅途中，他与莫顿早已建立了深厚的友谊。最终，尼尔斯选择了保护莫顿，放弃了变回原样的机会。

就在这个决定之后，奇迹发生了。尼尔斯的身体恢复了原样。从此，以前那个顽皮的尼尔斯消失了，现在的尼尔斯成了一个懂事善良，人人喜爱的好孩子。